100% в столбце «Диск» означает высокую занятость накопителя, а не заполнение его файлами. Сначала выясните, какой процесс обращается к диску и как долго это продолжается. Причиной бывают обновления, нехватка оперативной памяти или неисправность накопителя. Отключать системные службы до проверки причины не нужно.